พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวทรงโปรดเกล้าฯให้สร้างพระที่นั่งมันธาตุรัตนโรจน์ขึ้นในปี พ.ศ. 2435 โดยนำไม้สักทองจากภาคเหนือมาสร้าง และทรงพระราชทานนามพระที่นั่งในวันที่ 10 สิงหาคม 2435 คือ พระที่นังมันธาตุรัตนโรจน์ พร้อมกับพระราชทานนามพระโอรสที่ประสูติที่เกาะสีชัง สมเด็จพระเจ้าลูกยาเธอเจ้าฟ้าจุฑาธุชธราดิลกฯ และพระราชทานนามพระราชฐานที่สร้างบนเกาะสีชังว่า “พระจุฑาธุชราชฐาน”
ต่อมาในปี 2436 เป็นช่วงที่เกิดวิกฤตการณ์ ร.ศ. 112 (เหตุการณ์ที่ไทยมีข้อพิพาทกับฝรั่งเศส) พระที่นั่งมันธาตุรัตนโรจน์ได้หยุดการก่อสร้างและไม่ได้มีการสร้างต่อให้แล้วเสร็จ จนกระทั่งในปี พ.ศ. 2443 พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวทรงโปรดเกล้าฯให้รื้อพระที่นังมันธาตุรัตนโรจน์กลับไปสร้างพระที่นั่งองค์ใหม่ที่พระราชวังสวนดุสิต เมื่อสร้างเสร็จได้พระราชทานนามว่า “พระที่นั่งวิมานเมฆ” พระที่นั่งมันธาตุรัตนโจน์ ณ เกาะสีชังจึงเหลือเพียงฐานเท่านั้น
